Poco se sabe sobre sus estudios musicales y cuándo o donde fue ordenado sacerdote. En 1624 Pereira fue admitido como capellán y cantante en el Palacio Ducal de Vila Viçosa, el asiento ancestral de los duques de Braganza, el título más importante de la nobleza de Portugal a mediados del siglo XVII.

En 1629 sucedió a Roberto Tornar como mestre de capela en Vila Viçosa, y después del derrocamiento de la dinastía Filipina el 1 de diciembre de 1640, que había gobernado Portugal desde 1580, João, Duque de Braganza se convirtió en rey y la capilla ducal se mudó de Vila Viçosa a Lisboa. En 1641, tras la jubilación de Filipe de Magalhães, Marcos Soares Pereira fue nombrado mestre da Capela real, cargo que ocupó hasta su muerte

Toda su música se ha perdido, muy probablemente debido al terremoto de Lisboa del 1 de noviembre de 1755, con la destrucción de la Biblioteca Real de Música. Sin embargo, el catálogo de la biblioteca sobrevivió parcialmente  y allí podemos encontrar la entrada de cincuenta y ocho años de composiciones de Pereira, cincuenta y cuatro vilancicos y cuatro salmos, Confitebor, Beatus Vir, Laudate Pueri y Laudate Dominum.